Med kačami so v Škocjanskem zatoku najpogostejše kobranke (Natrix tessellata), ki jih je največ v razbremenilniku Ara in v jarkih na sladkovodnem delu rezervata, kjer si v trstičju pogosto rade privoščijo zarod močvirskih ptic. Manj pogoste so njihove najbližje sorodnice belouške (Natrix natrix). V bolj suhih, z grmičevjem zaraslih predelih pa lahko dostikrat opazimo črnico (Coluber viridiflavus), izredno hitro kačo.
V Škocjanskem zatoku živi tudi želva močvirska sklednica (Emys orbicularis), katero pa je zaradi skritega načina življenja zelo težko opaziti.
Ob sprehodu po krožni učni poti lahko opazimo primorsko kuščarico (Podarcis sicula campestris), ki je najpogostejša kuščarica v rezervatu. Najdemo jo povsod na odprtih, nezaraščenih predelih, v največjem številu pa živi ob nasipu med Bertoško bonifiko in polslano laguno.
 Photo: Borut Mozetič |
 Photo: Tomaž Mihelič |
 Photo: Mirko Kastelic |
