Il serpente più comune in Val Stagnon è la Natrice tassellata (Natrix tassellata): numerosa sopratutto nel canale Ara e nei fossati della parte con l’acqua dolce. Questi serpenti spesso trovano cibo nel canneto, nutrendosi di nidacei e di uova di uccelli acquatici che vi nidificano all’interno.
Meno diffuse sono le biscie dal collare (Natrix natrix). Nelle zone più aride, ricoperte da arbusti cespugliosi possiamo spesso notare il Biacco (Hierophis viridiflavus), un serpente velocissimo.
In Val Stagnon vive anche la Testuggine palustre europea (Emys orbicularis), difficile da notare per il suo stile di vita molto schivo e sfuggevole.
Passeggiando lungo il sentiero didattico ad anello possiamo notare anche la Lucertola campestre (Podarcis sicula campestris), il lucertide più numeroso nella riserva. Si può trovare in tutte le zone aperte senza vegetazione, ma è sopratutto numeroso lungo l’argine che divide la bonifica di Bertocchi dalla laguna salmastra.
 Natrice tassellata, foto: Mirko Kastelic |
 Testuggine palustre europea, foto: Tomaž Mihelič |
 Lucertidae, foto: Mirko Kastelic |
