Sino ad oggi, nel corso delle campagne di rilevamento della fauna di Val Stagnon, sono state censite 300 specie di farfalle, di cui 45 pertinenti alle cosiddette farfalle diurne e tutte le altre a quelle notturne o attive prevalentemente di notte. Tra queste ultime, parecchie specie risultano legate agli habitat paludosi, ai canneti, ai cariceti ed agli ambienti salmastri e quindi classificate come rare e minacciate.
Il Podalirio (Iphiclides podalirius) si può osservare in Val Stagnon dalla fine di aprile a settembre, infatti ha due generazioni annue. I bruchi di questa specie si sviluppano soprattutto a spese del prugnolo, meno di frequente anche di alberi da frutto.
La Didima (Melitaea didyma) è tra le specie affini della famiglia dei Ninfalidi quella con la colorazione rosso-arancione più accesa. Di questa farfalla c’è una popolazione locale già ben sviluppata e numerosa sugli argini della Bonifica di Bertocchi. Nel Litorale questa specie ha due generazioni annue, una a giugno e l’altrada metà agosto a metà settembre.
La Falena cinabro (Tyria jacobaeae) è diventata molto rara in Slovenia. Questa specie si è insediata in Val Stagnon appena nel 2010. Gli esemplari adulti sono attivi di giorno e sfarfallano da maggio a luglio. I bruchi arancione e neri hanno come pianta nutrice il (Senecio barbareifolius), una pianta molto frequente nella riserva.
In Slovenia quella della Phragmataecia castaneae è una specie rara e minacciata di farfalla notturna, appartenente al piccolo gruppo dei rodilegno (Cossidae) La rinaturalizzazione di Val Stagnon ha fatto sì che i vasti canneti dell’area diventassero uno dei principali areali di distribuzione di questa specie in Slovenia.
La Scopula emutaria è una piccola farfalla appartenente alla famiglia dei Geometridi che vive nelle aree costiere dell’Europa occidentale e meridionale e dell’Africa settentrionale. I bruchi si nutrono delle foglie di piante alofite, ma soprattutto di bietola selvatica. In Slovenia la specie risulta minacciata a causa dell’espansione edilizia che ha ridotto gli ambienti naturali. In Val Stagnon la Scopula emutaria è una specie di Geometride frequente e tipica.
 Phragmataecia castaneae, foto: Slavko Polak |
 Scopula emutaria, foto: Slavko Polak |
 Melitaea didyma, foto: Slavko Polak |
 Melitaea didyma, foto: Slavko Polak |
